文学研究院は、約90名の教員が所属する研究組織です。人文学、人間科学の2部門からなります。
人文学部門には哲学宗教学分野（哲学倫理学研究室、宗教学インド哲学研究室の2研究室）、歴史学分野（日本史学研究室、東洋史学研究室、西洋史学研究室、考古学研究室の4研究室）、文化多様性論分野（文化人類学研究室、芸術学研究室、博物館学研究室の3研究室）、表現文化論分野（欧米文学研究室、日本古典文化論研究室、中国文化論研究室、映像・現代文化論研究室の4研究室）、言語科学分野（言語科学研究室）の5つの研究分野があります。
人間科学部門には、心理学分野（心理学研究室）、行動科学分野（行動科学研究室）、社会学分野（社会学研究室）、地域科学分野（地域科学研究室）の4つの研究分野があります。
多彩な人文社会科学の研究分野をカバーする教員が、俯瞰的な視野から人間と社会をめぐる知について教育・研究活動をおこなっています。
| 研究院 | 部門 | 分野 | 研究室 |
| 文学研究院 | 人文学部門 | 哲学宗教学分野 | 哲学倫理学研究室 宗教学インド哲学研究室 |
| 歴史学分野 | 日本史学研究室 東洋史学研究室 西洋史学研究室 考古学研究室 |
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| 文化多様性論分野 | 文化人類学研究室 芸術学研究室 博物館学研究室 |
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| 表現文化論分野 | 欧米文学研究室 日本古典文化論研究室 中国文化論研究室 映像・現代文化論研究室 |
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| 言語科学分野 | 言語科学研究室 | ||
| 人間科学部門 | 心理学分野 | 心理学研究室 | |
| 行動科学分野 | 行動科学研究室 | ||
| 社会学分野 | 社会学研究室 | ||
| 地域科学分野 | 地域科学研究室 |